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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
03/06/2023 |
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Data da última atualização: |
07/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRAGA, L. G.; CHUD, T. C. S.; WATANABE, R. N.; SAVEGNAGO, R. P.; SENA, T. M.; CARMO, A. S. do; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
LARISSA G. BRAGA, Universidade Estadual Paulista; TATIANE C. S. CHUD, University of Guelph; RAFAEL N. WATANABE, Universidade Estadual Paulista; RODRIGO P. SAVEGNAGO, Michigan State University; THOMAZ M. SENA, Universidade Estadual Paulista; ADRIANA S. DO CARMO, Universidade Federal de Goiás; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANISIO P. MUNARI, Universidade Estadual Paulista. |
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Título: |
Identification of copy number variations in the genome of Dairy Gir cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 18, n. 4, e0284085, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0284085 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Studying structural variants that can control complex traits is relevant for dairy cattle production, especially for animals that are tolerant to breeding conditions in the tropics, such as the Dairy Gir cattle. This study identified and characterized high confidence copy number variation regions (CNVR) in the Gir breed genome. A total of 38 animals were whole-genome sequenced, and 566 individuals were genotyped with a high-density SNP panel, among which 36 animals had both sequencing and SNP genotyping data available. Two sets of high confidence CNVR were established: one based on common CNV identified in the studied population (CNVR_POP), and another with CNV identified in sires with both sequence and SNP genotyping data available (CNVR_ANI). We found 10 CNVR_POP and 45 CNVR_ANI, which covered 1.05 Mb and 4.4 Mb of the bovine genome, respectively. Merging these CNV sets for functional analysis resulted in 48 unique high confidence CNVR. The overlapping genes were previously related to embryonic mortality, environmental adaptation, evolutionary process, immune response, longevity, mammary gland, resistance to gastrointestinal parasites, and stimuli recognition, among others. Our results contribute to a better understanding of the Gir breed genome. Moreover, the CNV identified in this study can potentially affect genes related to complex traits, such as production, health, and reproduction. |
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Thesagro: |
Gado Leiteiro; Genoma. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1154204/1/Identification-of-copy-number-variations-in-the-genome.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
06/07/2017 |
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Data da última atualização: |
06/07/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 2 |
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Autoria: |
NEVES, R. L. P.; LAMEIRA, O. A.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; SOUZA, F. I. B. de; MONFOR, L. E. F.; CORREIA, R. G. |
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Afiliação: |
Raphael Lobato Prado Neves, UFRA; OSMAR ALVES LAMEIRA, CPATU; MARIA DO SOCORRO P DE OLIVEIRA, CPATU; FERNANDA ILKIU BORGES DE SOUZA, CPATU; Lucila Elizabeth Fragoso Monfor, UFRA; Ruy Guilherme Correia, UFRA. |
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Título: |
Caracterización y evaluación morfológica de partes aéreas de accesiones de Psychotria ipecacuanha (Brot.) Stokes (IPECA). |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Cubana de Plantas Medicinales, v. 22, n. 1, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Introdução: a espécie Psychotria ipecacuanha (Brotero) Stokes, Rubiaceae, conhecida popularmente como ipeca, ipecacuanha ou poaia, encontra-se ameaçada de erosão genética e em vias de extinção. Objetivos: caracterizar e avaliar acessos do Banco Ativo de Germoplasma de Psychotria ipecacuanha por caracteres morfológicos, e identificar descritores. Métodos: foram estudados 17 acessos de Psychotria ipecacuanha, conservados in vivo na Embrapa Amazônia Oriental para 19 caracteres morfológicos da parte aérea da planta, sendo treze qualitativos e seis quantitativos. Desse total doze foram submetidos às análises multivariadas. A seleção dos descritores foi realizada pela análise de componentes principais. Resultados: os acessos de Psychotria ipecacuanha apresentaram variações para boa parte dos caracteres, sendo sete qualitativos não variáveis. Dois caracteres foram considerados redundantes e dez selecionados como descritores. As dissimilaridades genéticas variaram de 0,19 a 0,77 com média de 0,55 e permitiram separar os acessos em dois com vários subgrupos e seis grupos divergentes pelos métodos UPGMA e de Tocher, respectivamente. Os caracteres "Altura da planta" e "Altura da primeira ramificação" foram os que mais contribuíram para a divergência entre os acessos. Conclusões: os acessos de Psychotria ipecacuanha possuem ampla variação morfológica para a parte aérea da planta com dez caracteres sendo considerados descritores para essa espécie. Estas informações são inéditas para a espécie e servirão de base para o manejo do banco de germoplasma, na seleção de indivíduos de interesse dos programas de melhoramento e para fornecer informações fundamentais que facilitarão a identificação de espécimes em ecossistemas nativos ou plantados. MenosIntrodução: a espécie Psychotria ipecacuanha (Brotero) Stokes, Rubiaceae, conhecida popularmente como ipeca, ipecacuanha ou poaia, encontra-se ameaçada de erosão genética e em vias de extinção. Objetivos: caracterizar e avaliar acessos do Banco Ativo de Germoplasma de Psychotria ipecacuanha por caracteres morfológicos, e identificar descritores. Métodos: foram estudados 17 acessos de Psychotria ipecacuanha, conservados in vivo na Embrapa Amazônia Oriental para 19 caracteres morfológicos da parte aérea da planta, sendo treze qualitativos e seis quantitativos. Desse total doze foram submetidos às análises multivariadas. A seleção dos descritores foi realizada pela análise de componentes principais. Resultados: os acessos de Psychotria ipecacuanha apresentaram variações para boa parte dos caracteres, sendo sete qualitativos não variáveis. Dois caracteres foram considerados redundantes e dez selecionados como descritores. As dissimilaridades genéticas variaram de 0,19 a 0,77 com média de 0,55 e permitiram separar os acessos em dois com vários subgrupos e seis grupos divergentes pelos métodos UPGMA e de Tocher, respectivamente. Os caracteres "Altura da planta" e "Altura da primeira ramificação" foram os que mais contribuíram para a divergência entre os acessos. Conclusões: os acessos de Psychotria ipecacuanha possuem ampla variação morfológica para a parte aérea da planta com dez caracteres sendo considerados descritores para essa espécie. Estas informações são inéditas para a es... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Caracteres morfológicos; Ipeca; Variação morfológica. |
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Thesagro: |
Planta Medicinal. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161406/1/Prado-Neves.pdf
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Marc: |
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245 $aCaracterización y evaluación morfológica de partes aéreas de accesiones de Psychotria ipecacuanha (Brot.) Stokes (IPECA).$h[electronic resource]
260 $c2017
520 $aIntrodução: a espécie Psychotria ipecacuanha (Brotero) Stokes, Rubiaceae, conhecida popularmente como ipeca, ipecacuanha ou poaia, encontra-se ameaçada de erosão genética e em vias de extinção. Objetivos: caracterizar e avaliar acessos do Banco Ativo de Germoplasma de Psychotria ipecacuanha por caracteres morfológicos, e identificar descritores. Métodos: foram estudados 17 acessos de Psychotria ipecacuanha, conservados in vivo na Embrapa Amazônia Oriental para 19 caracteres morfológicos da parte aérea da planta, sendo treze qualitativos e seis quantitativos. Desse total doze foram submetidos às análises multivariadas. A seleção dos descritores foi realizada pela análise de componentes principais. Resultados: os acessos de Psychotria ipecacuanha apresentaram variações para boa parte dos caracteres, sendo sete qualitativos não variáveis. Dois caracteres foram considerados redundantes e dez selecionados como descritores. As dissimilaridades genéticas variaram de 0,19 a 0,77 com média de 0,55 e permitiram separar os acessos em dois com vários subgrupos e seis grupos divergentes pelos métodos UPGMA e de Tocher, respectivamente. Os caracteres "Altura da planta" e "Altura da primeira ramificação" foram os que mais contribuíram para a divergência entre os acessos. Conclusões: os acessos de Psychotria ipecacuanha possuem ampla variação morfológica para a parte aérea da planta com dez caracteres sendo considerados descritores para essa espécie. Estas informações são inéditas para a espécie e servirão de base para o manejo do banco de germoplasma, na seleção de indivíduos de interesse dos programas de melhoramento e para fornecer informações fundamentais que facilitarão a identificação de espécimes em ecossistemas nativos ou plantados.
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773 $tRevista Cubana de Plantas Medicinales$gv. 22, n. 1, 2017.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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